Er varen slechts enkele grotere cruiseschepen op Galapagos. Ze zijn bijna allen van de luxury class, dat wil zeggen dat de service en het eten van de beste kwaliteit zijn. Het gaat om schepen van meer dan 16 passagiers. De grootste nemen tot 100 passagiers mee. Uiteraard is er meer bemanning aan boord. Er zijn meerdere gidsen, want men gaat in kleine groepjes aan wal om de natuur niet te verstoren. Deze schepen hebben doorgaans hutten van verschillende categorieën. Ze varen sneller dan een klein schip zodat ze ook de verder gelegen eilanden kunnen aandoen. Verder zijn ze stabieler – dat betekent minder kans op zeeziekte. De medische voorzieningen zijn beter (op sommige schepen is er steeds een geneesheer aan boord) en de randactiviteiten zijn uitgebreider: er zijn verschillende lounges, conferentiezalen, faciliteiten voor kinderen, etc. Grote schepen worden soms gecharterd door bedrijven of grote groepen.