Het Cuyabeno reservaat beschermt een zeer breed spectrum van ecosystemen. Dit gebied bestaat uit rivieren en meren, moerassen en ondergelopen bossen. Je vindt er ook iets hoger gelegen vlaktes en wat heuvelachtiger gebied.

Specifiek voor dit reservaat is de overvloed aan ondiepe meren, die als spiegels van modder en water tussen de wouden liggen. Gedurende twee maanden drogen ze ieder jaar uit, om daarna terug onder te lopen door de rivieren Cuyabeno en Lagarto. Deze laatste rivier zet zowat 10 000 has onder water en reikt tot aan de grens met Peru. In de meren huist veel dierenleven zoals rivierdolfijnen, lamantijnen, otters en een verscheidenheid van vis, van kleine sardines tot de meerval, die kan groeien tot meer dan 1,70 cm en 75 kg weegt. Je vindt er piranha’s, kaaimannen en anaconda’s. Het bekken van de Rio Napo heeft meer vissoorten dan enig ander bassin in de wereld van zijn omvang. Op de dicht begroeide oevers vind je apen, tapirs en poema’s. Er leven honderden verschillende soorten, waaronder kolibris, papegaaien en de eigenaardige hoatzin.

In de droge periode van het jaar genieten niet alleen de bewoners van het gebied van de overvloedige en gemakkelijke visvangst, maar ook de dolfijnen, otters, vogels en andere diersoorten die zich voeden met vis. Dat is de reden waarom in deze tijden van het jaar een groot aantal steltvogels vooral ooievaars en reigers naar hier migreren uit andere landen van Zuid-Amerika.

De oorspronkelijke bevolking van het reservaat bestond uit Siona-Sequoia, Cófan en Tetetes indianen. Deze laatste zijn inmiddels volledig verdwenen. Het Cuyabeno Reservaat wordt momenteel bewoond door verschillende etnische groepen, waaronder Signas-Sequoias, Cofanes en Quichuas. Recent zijn in deze sector ook Shuar-indianen uit het Zuid-Oosten van Ecuador naar hier gemigreerd.

Dit is één van de beste gebieden om de dierenwereld van het tropisch regenwoud te bewonderen.